Sakura Sakurakoji è una liceale che, a dispetto del suo aspetto fragile, è appassionata di combattimento e arti marziali. Un giorno, mentre in autobus torna a casa, vede delle persone bruciare in un parco. Accanto a loro c'è un ragazzo, dalla cui mano sinistra scaturisce una fiamma azzura, che il giorno seguente si rivelerà essere Rei Ogami, suo nuovo compagno di classe. Ogami, venuto a sapere che la ragazza è a conoscenza della sua vera natura, le rivelerà di essere un Code:Breaker, il cui scopo è punire coloro che la legge non può punire e proteggere coloro che la giustizia non può proteggere. Da quel momento Sakura si prefigge come obiettivo di scongiurare qualsiasi omicidio ad opera del ragazzo. Capitolo per capitolo saranno introdotti tutti i Code:Breaker rimanenti e la loro guida, il Presidente del Comitato Studentesco, che si occuperà di allenare Ogami in modo che questi sia in grado di sconfiggere il Ricercato, che altri non è che suo fratello maggiore, deciso a impadronirsi di un misterioso potere appartenente a Eden, l'associazione che controlla tutti i Code:Breaker.